某酒店工程，建筑面積28700m²，地下1層，地上15層，現(xiàn)澆鋼筋混凝土框架結(jié)構(gòu)。建設(shè)單位依法進行招標，投標報價執(zhí)行《建設(shè)工程工程量清單計價規(guī)范》GB50500-2013。共有甲、乙、丙等8家單位參加了工程投標。經(jīng)過公開開標、評標，最后確定甲施工單位中標。建設(shè)單位與甲施工單位按照《建設(shè)工程施工合同（示范文本）》（GF-2013-0201）簽訂了施工總承包合同。
合同部分條款約定如下：
（1）本工程合同工期549d；
（2）本工程采取綜合單價計價模式；
（3）包括安全文明施工費的措施費包干使用；
（4）因建設(shè)單位責(zé)任引起的工程實體設(shè)計變更發(fā)生的費用予以調(diào)整；
（5）工程預(yù)付款比例為10%。
工程投標及施工過程中，發(fā)生了下列事件：
事件一：在投標過程中，乙施工單位在自行投標總價基礎(chǔ)上下浮5%進行報價。評標小組經(jīng)認真核算，認為乙施工單位報價中的部分費用不符合《建設(shè)工程工程量清單計價規(guī)范》GB50500--2013中不可作為競爭性費用條款的規(guī)定，給予廢標處理。
事件二：甲施工單位投標報價書情況是：土石方工程量650m³，定額單價人工費8.40元/m³、材料費12.00元/m³、機械費1.60元/m³。分部分項工程量清單合價為8200萬元，措施費項目清單合價為360萬元，暫列金額為50萬元，其他項目清單合價120萬元，總包服務(wù)費為30萬元，企業(yè)管理費15%，利潤為5%，規(guī)費為225.68萬元，稅金為3.41%。
事件三：甲施工單位與建設(shè)單位簽訂施工總承包合同后，按照《建設(shè)工程項目管理規(guī)范》GB/T50326--2006進行了合同管理工作。
事件四：甲施工單位加強對勞務(wù)分包單位的日常管理，堅持開展勞務(wù)實名制管理工作。
事件五：在基坑施工中，由于正值雨期，施工現(xiàn)場的排水費用比中標的費用超出3萬元。甲施工單位及時向建設(shè)單位提出了索賠要求，建設(shè)單位不予支持。對此，甲施工單位向建設(shè)單位提交了正式的書面索賠報告。
問題